Arata Mizunashi, um programador de videogame, recebe uma notificação de um e-mail enviado por Shina Ninomiya, um colega de seu que desapareceu há quase um ano. Juntos, eles trabalharam para criar a Odyssey do Mundo (W.O.D.), uma paisagem virtual imersiva alimentada pela tecnologia de tirar o fôlego e de ponta. Ou seja, até o desaparecimento repentino de Shina colocar uma parada rápida à produção. Arata descobre a revelação surpreendente de que Shina Ninomiya estava preso dentro de 'W.O.D.' o tempo todo. Quando Arata delves rapidamente de volta para as linhas de código assombrando seu projeto abandonado, ele percebe que seu jogo agora é devastado por uma infestação de insetos, e que Shina é seu único jogador ativo.

Arata logo descobre que uma força nefasta o impede de extrair Shina do jogo. A única saída dela? Ela deve completar o jogo para desbloquear o final perfeito - um resultado com uma taxa de sucesso de 1%. Em sua jornada, eles encontram uma série de personagens NPC que percepcionam a humanidade e a tecnologia A.I., colocando em um movimento uma narrativa emocionante que coloca em questão as diferenças entre o mundo virtual e o nosso. Pouco sabem o que os horrores esperam em ambos os lados da tela...