En-Fem-E No. 9 vê o personagem principal começar como um estudante universitário normal. O relacionamento de seu pai adotivo está nas rochas e o personagem principal e seu pai se movem com seus pais nova namorada misteriosa. Quando o pai é de repente chamado para fora em negócios desconhecidos importantes a transformação manipulativa nas mãos da nova namorada de seu pai começa. A primeira parte envolve o personagem principal que acompanha sua nova amante a Tóquio, onde ele / ela cai na compreensão de uma empresa farmacêutica nefasta com planos duvidosos e sinistros para o futuro do personagem principal