O personagem principal mergulha completamente no trabalho, enquanto sua namorada Lisa fica em casa, gradualmente afundando em tédio. Certo dia, com o conselho de uma velha amiga, ela se registra no site JustAfriend — uma decisão aparentemente inofensiva que desencadeia silenciosamente uma cadeia de eventos muito antes que alguém perceba as conseqüências. JustAFriend é um romance visual em formato de telefone onde a história se desenrola através de chats e imagens. Suas escolhas formam caminhos diferentes de desenvolvimento de relacionamento: desde intimidade romântica até infidelidade, incluindo ramos NTR e NTS. A história desenvolve-se simultaneamente em várias direções, envolvendo diferentes personagens e formando enredos paralelos.

Perder um enredo pode abrir novos conhecidos e eventos, mas em certos casos um personagem desaparece para sempre, nunca mais aparecendo na história