Kansen Ball Buster é dividido em dois cenários diferentes intitulados "The Other Aspect" e "The Chronicle Teller". "The Other Aspect" apresenta Senoo Kazumi que atualmente vive sozinho e caça de emprego em Tóquio. Um dia sua irmã Tsugumi vem visitá-lo para ter certeza de que ele ainda está vivo, uma vez que ele não falou com sua família em um tempo. No mesmo dia, o vírus conhecido como Unknown LV4 rompe causando pânico e caos em toda a cidade. Kazumi fica determinado a salvar sua irmã e seu amigo de infância Shizuka de seu acampamento de verão na escola privada de todas as garotas.

Será que ele, sua irmã, e seu amigo de infância vai para a segurança na cidade ou se tornar apenas outro indivíduo infectado vagueando pela cidade em busca de presa? "The Chronicle Teller" é uma coleção de 10 a 20 cenas de cada um dos primeiros cinco jogos Kansen. Ele também explica como cada surto começou, alguma explicação das diferentes mutações de vírus, e um pouco de informações de fundo para cada um dos primeiros cinco jogos da série Kansen.