Mech Academy é um romance visual adulto baseado em decisões de múltipla escolha. O jogador assumirá o papel do protagonista nesta história e conhecerá diferentes personagens e tentará desenvolver um relacionamento com eles. As decisões do jogador terão um impacto na evolução da história. "É o ano 2175, e você é o piloto de um Mech Guardian. Estas são máquinas de guerra gigantes construídas para defender a Terra do Noxa, uma implacável intenção alienígena de conquistar seu planeta.

No entanto, você não pertence a este período; você é realmente Tenente Knight, um soldado altamente decorado que viveu na década de 1970. Por causa de uma experiência misteriosa, você foi catapultado dois séculos para o futuro. Tudo é novo e complicado para você. Seu mundo, a sociedade em que você cresceu, é profundamente diferente daquele em que você está agora."
Seguindo uma série estranha de eventos interligados, você foi escolhido como um piloto. Sua nova casa é agora a Seção 2, um centro de treinamento liderado por Elara Sardana, um comandante tão charmoso quanto ela é estrita.

Elara é um híbrido, meio terrestre e meio alienígena. Você não é o único piloto na base; Mei Maede é uma garota rebelde com uma atitude sensual. Da sua primeira reunião, ela vai mostrar uma forte atração para você. Drana, por outro lado, é um Vorlanian, uma princesa de um povo anos-luz da Terra. Drana pilota o Ghost Mech.

Será muito difícil estabelecer uma boa relação com ela; sua atitude forte, determinada, obediente, confrontal e acima de tudo hostil para com você não tornará a vida fácil, mas definitivamente valerá a pena tentar vencê-la. Lydia Helmer é uma garota de cabelo escuro com uma cara delicada. Lydia é a quarta piloto da Seção 2. Como Drana, ela também não pensa muito de você. A Lydia é uma rapariga muito reservada, tímida e fechada.

Fazer com que ela se abra a você não será fácil, mas quando ela o fizer, ela vai fazer você muito feliz. A Irina é a cientista-chefe. Ela é muito inteligente, um gênio, mas ela também é muito distraída e esquecida. Ela tem uma natureza excessivamente acolhedora. Na Mech Academy terá a oportunidade de conhecer muitas mulheres fascinantes, todas com natureza e comportamento complexos e bem definidos.

Interagindo com eles, seduzindo-os, fazendo-os cair no amor com você não será tão fácil e simples. Especialmente porque você estará ocupado defendendo a Terra de invasores extraterrestres!