O jogador assume o controle de Shinji Ikari, o protagonista e o personagem principal da série normal Neon Genesis Evangelion, no universo alternativo expandido que foi vislumbrado por alguns momentos no episódio de TV 26. Basicamente, o jogador decide o destino de Shinji em como ele vive sua vida. Jogue prossegue de três maneiras principais: A programação semanal, batalha e opções de diálogo. O jogador escolhe a programação de Shinji para cada semana, o que Shinji influencia suas estatísticas. Os controles de batalha são orientados para o menu e o resultado é determinado em parte por estatísticas e em parte pela sorte.

Em vários pontos Shinji será solicitado a fazer escolhas durante o diálogo que pode ter influência de longo alcance sobre a história.